LigandScout教程(三): 基于配体的药效团建模

LigandScout教程(三): 基于配体的药效团建模

一、操作步骤

  1. 导入配体
  2. 生成3D结构，对配体聚类
  3. 生成基于配体的药效团模型

二、详细描述

1,导入配体，设置训练集化合物
假设已知活性化合物以SMILES格式保存在cdk2.smi文件里。
File>>Open>>cdk2.smi
配体会被导入，其2D结构展示在屏幕的右侧。［见图示1］

2，设置训练集化合物
将用来建立模型的化合物选中，设置选中的化合物为训练集化合物。
Ligand-Set>>Flag Selected Molecules as Training Set

3, 根据3D药效团特征对训练集进行聚类
点击“Cluster”按钮［图示2］，用默认值，再点击OK按钮。
配体表单会出现一个新的列：Cluster ID。点击Cluster id，进行排序。

4，设置测试集化合物
通过表单控制，将cluser id为1的化合物设为“test set”。［图示3］

5，建立基于配体的药效团模型
点击“Create Ligand－based pharmacophore”按钮［图示4］，生成药效团模型。
“Feature Pattern”展示了药效团元素组成［图示5］，这些药效团元素与所有的化合物都匹配。点击一个色块，会链接向对应的药效团元素。在右上角展示了生成的一组药效团模型：点击不同模型，对应的3D模型与配体就会屏幕上展示出来。［图示6］

LigandScout教程(三） Figure 1

三、从这里开始，我能做些什么？

  • 将基于结构的模型与基于配体的模型进行叠合
  • 在LigandScout里对数据库进行虚拟筛选

四、应用案例

Anna Vuorinen et al. Ligand-Based Pharmacophore Modeling and Virtual Screening for the Discovery of Novel 17β -Hydroxysteroid Dehydrogenase 2 Inhibitors. J. Med. Chem. 2014, 57, 5995 −6007
阅读：http://www.molcalx.com.cn/ligandscout_jmc2014

五，联系我们，获取一个月的免费试用

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