Category Archives: 药物设计

Flare V3正式发布

Flare™ V3正式发布–包含FEP与新的工作流

By cresset, Uncategorized, 产品, 药物设计, , , , ,

FLARE V3正式发布，新特性包括可靠、充分验证的自由能微扰(FEP)计算；多种分子对接(Docking)方式，包括共价对接、模板对接，提升性能的Lead Finder分子对接；整合了Forge的基于配体的叠合，可以进行构象搜索、基于场、形状与子结构叠合；还提供了分子动力学模拟以及100多个新功能与改进。

Read More

选择性JAK3抑制剂PF-06651600的设计

选择性JAK3抑制剂PF-06651600的设计

By blog, drug design, 药物设计, ,

大量致力于JAK激酶抑制剂的发现工作最终将几种化合物推进到临床开发并有两个被FDA批准。尽管在过去20年中付出了巨大的努力，但是高选择性的JAK3抑制剂一直未能找到。辉瑞公司的研究人员经过巨大的努力发现了首个口服活性的JAK3特异性抑制剂，其通过与JAK3特有的残基CYS-909共价相互作用实现JAK同工酶选择性抑制。JAK3酶共价抑制剂设计的难点在于其具有相对快速的再合成速率，因此要求该酶的共价抑制剂不仅具有合适的药动学性质(pharmacodynamics properties)而且还要将不希望的脱靶反应性限制到最小范围。本研究的努力最终发现了化合物11(PF-06651600)，不仅具有体内活性而且清除率较低。鉴于化合物11的有利药效和安全性，该化合物进入临床研究评价阶段。

Read More

化合物3、4叠合到4Z3V

比较BTK抑制剂的配体与蛋白静电势

By blog, cresset, 药物设计, , , ,

Flare是Cresset的基于结构药物设计软件，在本文中它内置的蛋白相互作用势分析方法用于计算BTK激酶活性位点里精细的静电特征。相互作用势图用于比较几个精选的BTK配体以详尽地了解配体结合的构效关系(SAR)。FLARE里的3D-RISM分析也用来研究了BTK活性位点里结晶水分子的分布稳定性。

Read More

OpenEye Feature

OpenEye–药物发现与设计平台

By drug design, OpenEye, 药物设计, 药物设计软件, 虚拟筛选, , , , , ,

OpenEye软件是一个药物发现与设计平台，为大规模的药物设计与分子模拟应用而开发。它不仅具有严格的科学意义、还兼顾计算速度、可拓展性以及平台可用性。OpenEye药物设计软件聚焦于先导物识别与优化, 尤其擅长于化学信息学、构象生成、分子对接、形状比较，静电计算与比较，x-衍射晶体学，分子可视化以及数据分析。OpenEye软件支持多CPU/多核心计算，支持Linux，Windows与Mac OS X。OpenEye软件授权灵活，主要目的是最大的释放您的计算能力，指定用户的site license让您可以在任意的机器、不限数量机器上计算您的作业。

Read More