Category Archives: 药物设计案例

真实世界的药物设计

真实世界的分子设计

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罗氏的科学家们分享了一系列小分子药物发现案例，在这些案例中计算方法前瞻性地影响了罗氏的研究项目，目的是凸显那些能够实际带来附加值的方法。本文简述了应用于各种酶和受体的方法和技术，其中大多数是关于对分子构象和相互作用知识恰如其分的应用：填充亲脂性口袋以获得亲和力或选择性、添加极性取代基、骨架跃迁、SAR转移、构象分析和分子叠合。其中一个案例是序列驱动的集中筛选，阐明了适当的信息预处理是如何使高效地利用先验知识成为可能。他们的结论是，使化学家能够专注于化学空间中有希望的区域的定性陈述往往比定量预测更有效。

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Duvelisib与PI3Kγ的相互作用

OpenEye案例 | 和记黄埔与强生发现、优化强效、高选择性PI3Kgamma/delta双重抑制剂

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喹唑啉酮是选择性PI3K-gamma与delta抑制剂的公共片段，在本研究中作者开发了一种电子密度模型，用片段替换软件BROOD成功地识别出喹唑啉酮的新型替代物吡咯并三嗪酮。在分子对接的指导下，使用新的环状连接臂将该新型特异性片段与抑制剂的铰链结合区连接。进一步针对铰链区进行了SAR优化发现了候选化合物26，它是一种高效、选择性的PI3Kγ/PI3Kδ双重抑制剂，在临床前物种中具有有利的DMPK特性。

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EcR受体虚拟筛选

OpenEye案例 | FreeForm改善MM/PBSA的结合自由能预测

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在本研究中，作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。作者首先使用40个已知的EcR配体进行了验证研究，结果表明：当引入配体的构象自由能项时，MM/PBSA令人满意地预测了结合活性。 随后，将该MM/PBSA方法应用于基于结构的虚拟筛选。从380万化合物的数据库中挑出12个化合物，其中5个化合物在基于细胞的竞争性结合测试中具有活性。

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SPARK DPP-IV CASE

用SPARK10.3创造具有自主知识产权的DPP-IV抑制剂

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新发布的SPARKv10.3带来新的片段数据库和新的高级过滤功能可以用来控制结果的化学和物理化学性质的空间。在本案例中我们在一个二肽基二肽酶IV抑制剂( Dipeptidyl Peptidase IV, DPP-IV) 的搜索中应用这些新功能特性，您可以了解到如何用SPARK快速的生成新的DPP-IV抑制剂，并设计出各种性质良好的、具有自主知识产权的新化合物。

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