FLARE™
基于配体和基于结构的药物设计平台，使研究化学家能够更有效地发现新的小分子
Flare™主要模块
Flare V7.0新功能与特性
1. 多个作业并发计算
- 智能计算锁定系统可防止正在运行中的作业涉及的配体和蛋白质的被无意删除或修改
- 由于缺乏计算资源而无法立即启动的作业将排队并尽快自动启动
2. 新增计算窗口，可以监控所有正在计算、排队、完成与取消的作业
- 观察每个正在计算的作业细节
- 取消本地或远程正在计算的作业
- 对于已经完成的计算，可以显示项目日志与项目完成的时间
3. 新增GFN2-xTB紧密结合半经验方法用于对较大的配体进行量子力学（QM）计算
- 对配体、构象与结合模式进行几何优化
- 计算配体、构象与结合模式在水或有机溶剂中的单点能
- 用GFN2-xTB对配体进行结构优化，再在DFT水平进行能量计算
4. 增强的QSAR建模
- 新增共识回归与分类机器学习模型（Consensus regression and classification machine learning models）
- 给出高斯过程(Gaussian Process)模型预测结果的标准偏差
- 增强的界面，RDKit指纹与描述符无缝构建机器学习模型
5. 增强的分子动力学模拟计算
- 新增GCNCMC增强分子动力学模拟平衡与产品阶段的说分子采用效率
- 分子动力学模拟轨迹现在可以支持仅导出感兴趣的帧
- 增强的分子动力学轨迹聚类，支持仅对特定范围的帧聚类
- 增强的二级结构表单，改进了对正在研究中的残基与帧的可视化
6. 增强了小分子两面角参数计算方法与计算精度以支持分子动力学模拟
- 新增DFT//GFN2-xTB方法，用GFN2-xTB半经验方法对小分子进行几何优化，然后在DFT水平进行能量计算
- 增强了碎片化算法
7. 新增分子对接与打分特性
- 新增系综共价对接方法对同一个蛋白不同构象的系综进行共价对接实验
- 新增高级选项使得对接计算的时候蛋白残基的氢键供体可以旋转
- 新增高级选项以限制共价对接实验仅使用指定的弹头
- 拓展了共价与系综共价对接的弹头选择
8. 配体准备新增互变异构体枚举选项
9. 蛋白准备新增选项以激活自动构建生物学单元
10. 拓展了Hit Expander的取代基
11. 新增并增强了蛋白模拟的功能
- 在编辑工具里新增‘Grow Peptide’按钮以构建肽类或生长蛋白
- 新增‘Copy/Paste Loop’功能，从一个不同的蛋白结构里复制loop用来修复感兴趣蛋白的缺失区
- 新增在指定位置插入残基序列的功能
- 增强了单点突变的工作流，提供选项仅对突变的残基还是整个蛋白进行结构准备
- 蛋白表单与比对表单的交互式序列标尺，可以横跨所有蛋白对同一位置的残基进行高亮或选择操作
12. 新增’Roles’以保持蛋白与比对表单的组织
13. 增强了库枚举的功能
14. 增强了R-基团分析功能
15. 新增AND/OR逻辑操作用于配体表单Tags的过滤
16. 新增Mogul扭转角分析方法接口（需要有效的CSD授权）
17. 新增Flare GUi顶部‘Search’框，可以快速定位Flare的功能模块
18. 新增导出3D视窗的spin/rock视频
19. 新增Pyflare脚本
- 新增脚本进行QM计算
- 新增脚本进行命令行配体准备
- 增强分子对接计算脚本，包含了新的系综共价对接计算功能
20. 增强了分子动力学模拟脚本，包含了对GCNCMC方法的支持
Flare V6.1新功能与特性
1. 新的R基团分析（R-Group Analysys, GRA）
- 快速分析具有公共母核系列化合物的取代模式
- 用RGA箱体图研究在特定连接点上R基团的性质分布
- 创建RGA表单，报告在每个配体中发现的R基团及其从配体表单中选择的性质
- 用RGA热图分析在两个不同R基团位置改变取代基对性质的影响
- 用RGA热图确定在不同系列配体的化学探索中存在的空白区域
2. 新增Hit Expander模块
一键对初始配体结构进行小的修饰以围绕选定的苗头化合物或先导化合物进行快速的化学探索。
3. 增强了小分子自定义扭转参数的自动生成，用于分子动力学模拟和FEP计算
- 新增了GFN2-xTB（扩展紧束缚半经验）方法，适用于中性和带电配体
- 提高了ANI-2x（深度学习QM 近似）方法的准确性，适用于中性配体分子
4. Flare FEP计算的新功能和增强功能
- 新增’Very Quick’计算方法，用于快速对数据进行分类，包括诸如Hit Expander生成的那些小的结构修饰场景
- 新增Link Plot用于检查FEP结果和对单个link计算进行故障排除
- 新增选项，使用预先计算的溶剂化盒进行显式溶剂或膜/溶剂溶剂化模型进行计算实验
5. 增强了分子动力学模拟（Dynamics）
- 新增聚类工具用于分析动力学轨迹结果并选择具有代表性的中心帧(centroid frames)
- 新增选项用于导出分子动力学模拟轨迹视频
- 新增选项，使用预先计算的溶剂化盒进行显式溶剂或膜/溶剂溶剂化模型进行计算实验
- 支持非标准残基
6. 增强了QSAR模型搭建
- 新增多层感知机(MLP) 方法用于构建回归和分类模型
- 增强了GUI，可选择使用Cresset 3D描述符或自定义描述符用于构建回归和分类模型
7. 增强了配体分子的量子化学(Quantum Mechanics，QM)计算
- 计算并呈现QM电子密度图
- 增强了静电势图可视化
- 现在可以使用Cresset Engine Broker从macOS启动QM计算以在Linux资源上远程运行
8. 增强了Conformation Explorer检查QM计算的结果
- 报告每个构象的绝对QM能量、HOMO、LUMO和偶极矩
- QM列可以用来绘制直方图
9. 新增了分子对接与打分的一些特性
- 自动枚举未定义的立体化学中心
- 设置用于存储和共享自定义弹头定的位置
10. 增强了3D图形化技术
- 增强了接触和测量的显示，现在自定义粗细
- 可以调节3D窗口中表面的光泽度
11. 其它更新
- 新增录制Flare GUI或Flare 3D视窗电影等功能
- 新增Superpose函数，可根据两个配体的最大公共子结构或3-5个选中的原子来叠合两个配体
- 新增箱体图函数，可以绘制所选性质的箱体图
- 增强了绘图与直方图的功能
- 增强了大多数计算面板的“开始”按钮的功能，现在可以选择是在本地还是使用Cresset Engine Broker远程资源开始计算
- pyflare新增配体3D构象生成的脚本以及增强的分子对接脚本，支持读取输入SMILES格式
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