PockR™
选择静电多样化的单体以获得高质量的化合物库和更好的知识产权
概述
在你的R基团中寻找隐藏的关系，以提高组合库的多样性、提高的筛选命中率。
与其他方法不同，PickR使用3D静电和形状性质来描述单体之间的分子相似性，从而提供更有意义的化学空间来设计苗头化合物发现库。 PickR是与我们的客户合作开发的，并在药物化学家和合成化学家中建立了良好的声誉，它使数据库的化学多样性最大化。
计算化学家与化学信息科研人员用PickR可以：
- 根据场和形状的3D多样性对试剂库中的化合物进行排序、挑选。
- 对每一个试剂进行两两比对、计算静电与形状相似性
- 生成相似性矩阵
- 易于用更多的试剂对现有的库进行扩增
- 用外部工具自动或手动聚类
- 以2D或3D方式观察聚类结果
特性
- 灵活的命令行界面
- 支持本地或集群计算
- 支持集群的队列管理系统
- 自动多步骤计算
- 通过XedEx构象分析工具对2D的SDF或SMILES格式试剂数据库处理
- 支持3D构象
PickR是一款命令行应用，联合使用了Cresset与RDKit技术。
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2D_MACCS_vs 3D similarity for 200 boronic acids |
3D and 2D pictures of all side chains in the phenylalanine cluster |
3D representations of all 20 clusters generated from 200 boronic acids aligned to each other using the B-C bond of the boronic acids |
算例
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