TorchLite

TorchLite

产品概述

TorchLite是免费的分子显示软件，为您提供一个信息丰富的视角，展示分子在生物系统中的状态。这个强大的分子展示、编辑和创建工具可以用来展示分子3D结构（及其分子场，比如形状、静电等）、2D结构以及它们的理化性质，让您理解化合物的活性、ADME和毒理性质是如何与分子场关联起来的。您可以根据特定需求组合各种性质来筛选分子。复制和粘贴功能使您能够在不同的应用中转移分子，以及与您的团队成员分享您的发现与计算结果。

为什么推荐TorchLite

  • 画出您的化合物以便研究场与活性是如何关联上的
  • 从SDF，mol2或Cresset应用里导入10000个化合物，并进行化合物比较
  • 2D生成3D优化的构象
  • 使用Cresset独有的场技术比较、叠合化合物
  • 分析虚拟筛选结果，展示2D与3D结构及其场，进行化合物比较
  • 下载并研究配体-蛋白晶体结构
torchV10_screenshot800 这是TorchLite的一个截图，展示了一系列不同的先导物及其场与各种性质的差异。TorchLite还可以用于数据过滤等处理，比如根据IC50实验数据或理化性质数据用来过滤出具有理想性质的分子。

产品特性

特性 TorchLite Torch3D Torch Forge GUI Forge CLI
分子可视化
载入配体-蛋白晶体结构观察有利的相互作用
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读入多达10,000分子，并生成3D结构，展示2D与3D结构
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读入基于配体或基于蛋白的虚拟筛选结果
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手动修饰化合物结构，研究同系物的SAR，观察结构变化引起的分子形状与静电特征变化
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支持3D立体视图
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支持蛋白的飘带状展示
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简单的按钮，聚焦到蛋白活性口袋
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分子叠合
与蛋白-配体复合物晶体结构中的抑制剂比较，理解结构多样化合物的结合模式
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在分子叠合或比较时，支持以蛋白结果作为排斥体积
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比较或叠合时添加约束条件以确保指定的特征总得到匹配
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通过选项控制每步计算的细节
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使用多个参比分子生成模型，获知配体是如何与蛋白结合
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交叉比较对个结构发现一致的叠合结果
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在蛋白晶体结构缺乏的情况下，开发出结合模型
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获得药效团模型，可作为其它活性化合物的叠合模板
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用公共子结构或静电与形状特征进行分子比较与叠合
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连接到Cresset计算引擎，用云和/或集群资源进行计算
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虚拟筛选
500化合物的虚拟筛选
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10,000化合物的虚拟筛选
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100,000化合物的虚拟筛选
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图形界面启动Blaze开始几百万化合物的虚拟筛选
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浏览、检索 Blaze 计算结果
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SAR 解释
Activity Miner 发现、检查基于3D的活性悬崖(activity cliffs)
Option
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Activity Miner 发现、检查基于2D与3D的活性悬崖(activity cliffs)
Option
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Activity Miner发现、检查基于2D指纹图谱的活性悬崖(activity cliffs)
Option
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基于2D或3D相似性的分层聚类（heirachical clustering）
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支持对多种目标活性建立3D-QSAR模型
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用3D-QSAR模型对新化合物打分
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交互式的生物或理化数据散点图
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设计新化合物
直接在蛋白口袋里复制、编辑化合物
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边画边打分，即时获得新设计化合物的特性
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支持从常用画结构软件复制、黏贴化合物到本产品
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自动生成能量合理的构象
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实时展示化合物的八卦图
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不只是优化活性，还可以用StarDrop模块预测脱靶效应 n/a
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分子表单
支持物理性质的计算并展示在表单上，还支持从SDF或CSV文件导入数据
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自动识别活性数据并取对数
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自动从初筛与二次筛选活性数据（primary and secondary activities）计算选择性
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合并CSV文件更新表单
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排序
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数值与文本过滤
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添加、删除、隐藏、展示制定的列
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支持雷达图(八卦图)排序将最佳性质的化合物排在顶部
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通过内置编辑器创建或输出Javascript代码，对分子表单操作
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用Javascript对分子或其它数据计算以添加新的列
Imported scripts only
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载入项目时使用脚本(Create a profile of scripts to be used on project load)
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工作流的整合
与KNIME整合
As a viewer
As a viewer
As a viewer
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与Pipeline Pilot整合
As a viewer
As a viewer
As a viewer
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