OpenEye先导化合物优化

OpenEye先导化合物优化概述

高效地设计有效、选择性的分子需要使用各种各样的技术和方法。 OpenEye提供了基于”前沿科学”的先导化合物优化解决方案。

Lead Optimization

结合模式预测(Pose prediction)

  • POSIT

    • POSIT可以在蛋白结合位点准确、可靠地预测结合模式。使用POSIT的关键优点在于，不仅对结合模式打分，而且给出结合模式正确的置信度或概率。有了正确的pose，就可以进一步评估构象自由能以及用WaterSwap等进行结合自由能计算，因为FEP、TI等计算方法都依赖于初始的正确结合模式。

  • ROCS

    • 在缺乏蛋白质结构的情况下，ROCS的subROCS模式可以提供高精度的分子叠合和结合模式预测。subROCS模式以穷尽的相互叠合方式提供了比ROCS的标准、高通量模式更精确的叠合结果。

骨架跃迁（Scaffold Hopping）

OpenEye提供了两种方式发现全新的结构类型:

  • EON

    • Whole molecule replacements using shape and electrostatic similarity. Physically realistic electrostatic potential comparisons allow the identification of biologically active molecules with substantially different structures to existing known actives. EON用形状和静电相似性进行全分子替换，通过物理上真实静电势的比较可以发现与现有已知活性化合物具有显著不同化学结构的生物活性分子。

  • BROOD

    • BROOD是一种片段替换技术。ROCS和EON用于比较整个分子的形状和静电相似性， 而BROOD对候选片段进行评分和排序以替换生物活性分子的母核或侧链，BROOD还提供了片段连接和环化策略。

结合亲和力优化(Affinity Optimization)

  • GAMEPLAN

    • GAMEPLAN基于水分子的自由能提供结构优化的假设。GAMEPLAN在蛋白质结合位点、靠近配体的空间中快速地进行物理严格的水的结合自由能计算，提供了对水位置与稳定性贡献的理解来提出提高结合亲和力的建议。

FreeForm：构象稳定性评估

FreeForm用于快速、可靠地评估分子构象自由能。它可以用于：

  • 理解计算的分子结合模式（pose）或构象的稳定性是两个重要问题的中心；
  • 对降低构象柔性的假设进行重新打分和比较；
  • FreeForm计算焓和熵对结合构象稳定性的贡献，从而提供关于刚性化或环化对先导分子的结合亲和力的影响的可测试假设。