OpenEye案例 | FreeForm改善MM/PBSA的结合自由能预测
在本研究中,作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。作者首先使用40个已知的EcR配体进行了验证研究,结果表明:当引入配体的构象自由能项时,MM/PBSA令人满意地预测了结合活性。 随后,将该MM/PBSA方法应用于基于结构的虚拟筛选。从380万化合物的数据库中挑出12个化合物,其中5个化合物在基于细胞的竞争性结合测试中具有活性。
在本研究中,作者用MM/PBSA方法预测配体的EcR结合活性。作者首先使用40个已知的EcR配体进行了验证研究,结果表明:当引入配体的构象自由能项时,MM/PBSA令人满意地预测了结合活性。 随后,将该MM/PBSA方法应用于基于结构的虚拟筛选。从380万化合物的数据库中挑出12个化合物,其中5个化合物在基于细胞的竞争性结合测试中具有活性。