Flare™ V3正式发布–包含FEP与新的工作流
FLARE V3正式发布，新特性包括可靠、充分验证的自由能微扰(FEP)计算；多种分子对接(Docking)方式，包括共价对接、模板对接，提升性能的Lead Finder分子对接；整合了Forge的基于配体的叠合，可以进行构象搜索、基于场、形状与子结构叠合；还提供了分子动力学模拟以及100多个新功能与改进。
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FLARE V3特性预告：新技术与性能提升
本文预告了Flare V3的部分新功能与性能改进。自由能微扰(FEP)计算相对结合自由能是该版本的最大亮点，已经用多种数据完成了内部验证。与Schrodinger的FEP+相比性能相当，而优于AMBER/TI；此外，模板对接(Template Docking)改善了同系物分子对接的性能。
用SPARK基团替换策略重现深度学习DDR1抑制剂的发现
本文以DDR1抑制剂Ponatinib为起始化合物，用SPARK对其进行了基团替换计算实验。结果表明，SPARK在不到10分钟的时间内完成了计算，不仅获得了Alex等人采用深度学习生成化合物1的甲基哌嗪衍生物，而且该类化合物被SPARK打分后排序靠前(排名第一)。这说明SPARK比起深度学习在使用上可以更加简单、直接地获得目标化合物。
SPARK案例 | 拜尔发现通过干扰RAS-SOS1相互作用能够阻断RAS激活的SOS1抑制剂
本文分享了拜尔公司科研人员用SPARK发现高效、选择性的SOS1抑制剂的研究过程：首先用片段筛选与高通量筛选发现了与SOS1结合的片段F1与化合物17；发现它们分别结合于SOS1的子结合口袋与主结合口袋；F1与17有部分重合，删除该重合后用Spark合理地设计了连接F1与17的连接臂；最后发现了化合物BAY-293，是一种KRAS-SOS1相互作用强效、选择性的抑制剂。
FieldTemplater
FieldTemplater药效团识别的假设是：两个分子以相似的结合模式（相互作用方式）结合到蛋白的同一个结合位点，因此化合物应该有高度相似的场点模式。FieldTemplater因此遍历一组配体的构象空间、并识别其公共场模式。多个结构多样化合物的场模式很可能就解释了这些化合物与靶标的结合模式。
PickR用于氨基酸侧链的设计
PickR最早由诺华与Cresset合作开发挑选DNA编码库（DEL）的构建块(Building Block,BB)而设计的。PickR将Novartis的方法规范化为一个新的计算工具。用于选择结构多样的试剂并合并到化合物库中。与其他方法不同，PickR使用分子的静电和形状性质来生成描述符矩阵作为结构多样性选择的基础。在过去几年中，PickR方法广泛地应用于多种类型的化合物库设计，并赢得了良好声誉。本文提供了一个用PickR设计多样氨基酸侧链库的算例以展示PickR的性能。
Lead Finder
Lead Finder是一款全新的分子对接软件，其设计的目的是用来满足计算化学家和药物化学家在药物发现过程中的需求，可以用于（1）虚拟筛选哪发现全新的先导化合物；（2）对活性化合物的高富集能力设计集中库；（3）预测活性化合物的3D结构；（4）快速地评估新设计的分子是否与结合位点匹配。
如何计算带电分子周围的静电环境
我们经常被问到的一个问题是：”你如何处理带电分子？” 这与小分子非常相关，但在另一个常问问题中变得至关重要：”你能把场放到蛋白质上吗？” 本文我们详细介绍了处理带电小分子的方法和原理。