Tag Archives: FEP

自由能循环

Flare FEP

本文介绍了Flare FEP的特性,包括:不影响准确度的情况下近乎1倍的速度提升;自动的中间体添加;改进的拓扑构造容纳更多的分子;提升的预测性能与准确度;易于使用、易于结果分析。总的来说Flare FEP兼具速度、精度与易用性,极具竞争力。

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Flare V3正式发布

Flare™ V3正式发布–包含FEP与新的工作流

FLARE V3正式发布,新特性包括可靠、充分验证的自由能微扰(FEP)计算;多种分子对接(Docking)方式,包括共价对接、模板对接,提升性能的Lead Finder分子对接;整合了Forge的基于配体的叠合,可以进行构象搜索、基于场、形状与子结构叠合;还提供了分子动力学模拟以及100多个新功能与改进。

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吡啶的静电场

Cresset的核心技术

Cresset核心技术为XED力场在设计新的小分子生物活性化合物中的应用。XED方法通过复杂的原子描述来模拟远离原子中心的电荷,从而改进了传统的分子力学。它能够详细地描述静电并重现分子间相互作用,正确地模拟了取代基对芳香族化合物的效应、电荷密度变化以及小分子、水和蛋白质之间的分子间相互作用。

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FLARE 基于结构的设计软件

FLARE

Flare V2是Flare的最新版本,一款开创性的基于结构的药物设计软件。Flare V2包含了:1)蛋白结构准备;2)蛋白静电相互作用势分析;3)静电互补性打分;4)WaterSwap结合自由能计算;4)3D-RISM水分子的位置值与稳定性计算;5)分子对接;6)Pyhton API任务自动化与自定义工作流。

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