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水分子的卤键替换策略

水分子的卤键替换

By 墨灵格新闻, 资源分享, , , ,

在基于结构的药物设计领域中，蛋白质电负性原子与配体卤素原子之间的卤键相互作用日益受到关注。本文的研究者分析了配体卤原子和蛋白主链羰基之间的特征性卤键相互作用的晶体结构的结合位点水性质，发现：1）参与卤键相互作用的卤原子在配体结合后经常替换计算出的结合位点的水；2）卤键相互作用的优势方向与这些被取代的水的取向很好地吻合；3）被卤素替换后形成与不形成卤键相互作用的水表现出不同的能量特性；4）替换计算的结合位点水有助于形成有利的卤键相互作用。这为如何在理性药物设计中利用卤键与蛋白主链羰基的相互作用提供了实用的方法。

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Field QSAR

QSAR Models

By cresset, drug design, Flare, , , , , , , , , , , ,

本文总结了Forge的QSAR建模的方法：定量与定性的方法。其中定量的方法包括：Field QSAR，机器学习方法；定性方法包括：Activity Atlas与Activity Miner。Field QSAR、Activity Atlas与Activity Miner可以建立解释性模型，用于指导分子设计；而机器学习方法仅是预测模型、不能指导分子设计。此外，机器学习模型不仅可以用来建立回归预测模型，还可以采用分级数据建立分类预测模型。

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药效团识别流程

FieldTemplater

By cresset, drug design, Flare, 产品, , , , , ,

FieldTemplater药效团识别的假设是：两个分子以相似的结合模式（相互作用方式）结合到蛋白的同一个结合位点，因此化合物应该有高度相似的场点模式。FieldTemplater因此遍历一组配体的构象空间、并识别其公共场模式。多个结构多样化合物的场模式很可能就解释了这些化合物与靶标的结合模式。

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