SPARK数据库
2023年1月发布的Spark数据库来自有商品可供购买的筛选化合物、文献、专利、商品可供购买的试剂、小分子晶体结构(结晶学开放数据库和剑桥结构数据库)以及理论环系(VEHICLe)等等。本文详细说明了这些片段库与试剂库的组成、来源以及分布特点,并介绍了如何创建自己的片段库与试剂库。
Cresset Engine Broker(CEBROKER)是一个Linux应用程序,位于运行Cresset应用程序的GUI或命令行版本的客户端计算机与高性能计算资源(HPC)之间。它接收来自Cresset应用程序的计算请求并将它们传输到HPC资源,并使用一个简单的可配置脚本来启动资源并将请求提交到诸如Slurm、SGE或LSF之类排队系统。无论您使用图形界面、命令行还是我们的KNIME组件,CEBroker都会显著加快您的计算速度。
本文以DDR1抑制剂Ponatinib为起始化合物,用SPARK对其进行了基团替换计算实验。结果表明,SPARK在不到10分钟的时间内完成了计算,不仅获得了Alex等人采用深度学习生成化合物1的甲基哌嗪衍生物,而且该类化合物被SPARK打分后排序靠前(排名第一)。这说明SPARK比起深度学习在使用上可以更加简单、直接地获得目标化合物。
本文分享了拜尔公司科研人员用SPARK发现高效、选择性的SOS1抑制剂的研究过程:首先用片段筛选与高通量筛选发现了与SOS1结合的片段F1与化合物17;发现它们分别结合于SOS1的子结合口袋与主结合口袋;F1与17有部分重合,删除该重合后用Spark合理地设计了连接F1与17的连接臂;最后发现了化合物BAY-293,是一种KRAS-SOS1相互作用强效、选择性的抑制剂。
新发布的SPARKv10.3带来新的片段数据库和新的高级过滤功能可以用来控制结果的化学和物理化学性质的空间。在本案例中我们在一个二肽基二肽酶IV抑制剂( Dipeptidyl Peptidase IV, DPP-IV) 的搜索中应用这些新功能特性,您可以了解到如何用SPARK快速的生成新的DPP-IV抑制剂,并设计出各种性质良好的、具有自主知识产权的新化合物。