Spruce
spruce是一款高精度蛋白结构准备软件，以便下游的应用软件使用。下游的应用包括：基团替换软件BROOD，分子对接软件FRED与HYBRID，结合模式预测软件POSIT以及结合位点水分子的位置与稳定性预测软件SZMAP等等。 Spruce结构准备的工作流程包括：1）将不对称单元扩展为生物单元；2）枚举可选的其它位置（alt locs）；3）修复缺失的部分，比如侧链不完整、链断裂的封端以及缺失loop的建模；4）加氢原子及其优化，包括配体和辅酶的互变异构体枚举、以及对生物分子结构中互变异构体状态的评估；5）模型质量评估等等。