VINA教程 (ChemBio3D版)
一、背景介绍
Tyrosine-protein kinase ABL1是白血病的一个重要靶点，比如格列卫就是作用于这个靶点。本教程以格列卫(STI)类似物与靶点复合物晶体结构出发，演示如何用VINA进行分子对接计算。
VINA(AutoDock Vina)是AutoDock的新版本，具有完全不一样的代码，但是计算精度与计算速度有了非常显著地的提高，同时使用上也更加简单，不需要显式地计算格点文件。
二、准备工作
1，安装ChemBio3D Ultra或ChemBioOffice Ultra
非免费软件需要购买或安装试用版：http://www.molcalx.com.cn/chembio3d-ultra-14
ChemBio3D Ultra或ChemBioOffice Ultra 用来：
1）建立小分子的2D结构；
2）生成3D结构；
3）优化结构;
4）将文件保存为SYBYL mol2格式。
假设最后优化后的文件时foo.mol2。
2，安装OpenBanel
从http://www.openbabel.org 或http://sf.net上下载最新版的OpenBabel。
Openbabel用来负责将ChemBio3D优化好的小分子结构转化为pdbqt格式文件。
将foo.mol2转化为foo.pdbqt，保存到C:\vina目录里。
3，安装AutoDock VINA
从http://vina.scripps.edu上下载vina，安装在C:\vina\里。假设您的vina的文件名为vina.exe
4,下载受体文件并保存对接配置参数文件
1)登陆结合位点数据库：http://www.molcalx.com.cn/targetdb
2)在query检索框输入”1fpu”,选1fpu那行，点击search
3)下载现成的受体pdbqt文件
4)解压，获得受体文件：protein.pdbqt。
5)在AutoDock Search space区给出结合位点中心坐标
－－－－－从这里开始－－－－－－－－
center_x = 13.0974
center_y = 96.9759
center_z = 57.9442
size_x = 15
size_y = 15
size_z = 15
－－－－－到这里结束－－－－－－－－
复制，保存为config.txt
将config.txt也放在C:\vina目录里。
三、对接计算
1）在开始菜单，切换到命令行
在命令行里键入：cmd
2）切换到对接计算目录
cd C:\vina
3) 开始对接计算，键入下面命令：
vina --config config.txt --receptor protein.pdbqt --ligand foo.pdbqt --out foo_docked.pdbqt --log foo_docked.log
其中，foo_docked.pdbqt就是对接的结果文件，可以进一步用ChemBio3D观察结果。也可以用其它的视图软件查看结果。
四、总结
1)用ChemBio3D或ChemBioOffice生成初始的3D结构；
2)用OpenBabel将格式转化为AutoDock的PDBQT格式；
3)从结合位点数据库上获得Vina对接参数；
4)用Vina进行对接计算。